يتراوح متوسط سعر عملية الحقن المجهري من 50 ألف جنيه مصري، ويختلف سعر عملية الحقن المجهري بناءًا علي العديد من العوامل ومن هذه العوامل ما يلي:
الموقع: حيث تختلف تكلفة عملية الحقن المجهري من دولة إلى أخرى، ومن مدينة إلى أخرى.
المركز الطبي: تختلف تكلفة عملية الحقن المجهري من مركز طبي إلى آخر، اعتمادًا على مستوى الخدمة المقدمة والتكنولوجيا المستخدمة.
الطبيب: يختلف تكلفة عملية الحقن المجهري من طبيب إلى آخر، اعتمادًا على خبرته وكفاءته.
عدد الأجنة المنقولة: تختلف تكلفة عملية الحقن المجهري حسب عدد الأجنة المنقولة، حيث أن نقل المزيد من الأجنة يزيد من فرص نجاح العملية، ولكن أيضًا يزيد من مخاطر حدوث الحمل بتوأم أو أكثر.
وجود أي مشاكل طبية لدى المرأة: إذا كانت المرأة تعاني من أي مشاكل طبية، مثل تكيس المبايض أو العقم غير المبرر، فقد تتطلب العملية إجراءات إضافية، مما قد يؤدي إلى زيادة التكلفة.